למה שנאו יהודים בגרמניה אם הרבה מהם היו ממש חילונים והתחתנו עם גרמנים לא יהודים?

לכי תשאלי את היטלר

כי היו להם שורשים יהודים

כי אין קשר לתפיסה של הדת. אתה יכול להיות אתאיסט ואפילו בן אדם שנראה גרמני אבל אם אתה יהודי זה רשום והייתה שנאה כלפי המושג יהדות והיהודים.

תמיד הייתה שנאה כלפינו

הבעיה בגרמניה ואצל היטלר בפרט (תורת הגזע) זה בעצם הגזע והיוולדו של כל אדם שאינו גרמני ארי טהור.
גם אנשים שהיו חצי גרמנים וחצי משהו-אחר-שהוא-לא-יהודי, גם הם זכו ליחס משפיל.

תורת הגזע מבוססת על גזעים טהורים, וגם גרמנים גזעיים שהיו עם פגמים כלשהם (פיגור, אוטיזם וכדומה) הומתו בסופו של דבר.
הם רצו לטהר את העולם.

לא קשור חילוניים או דתיים. הגישה של השלטון הנאצי הייתה שנאה על עצם יהדותם של היהודים באירופה. נחשב לגזע בין הנחותים(כמו הפרטיזנים). הרבה יהודים באירופה עסקו בעבודות "מצליחות" והשתלבו בחברה האירופאית בבנקים, עריכת דין וזה מה שתרם לשנאה כלפיהם. הם לא רצו שהגזע הארי ה"מושלם" יתבולל עם הגזע היהודי.

היטלר שנא את כל מי שלא בגזע ההארי
כולל נכים הומואים ועוד
הכי מצחיק שהוא לא היה חלק מהגזע הזה חחח

זאת הסיבה.
הרב מבריסק זיע"א היה אומר שאם היהודי לא עושה קידוש - הגוי עושה הבדלה.