אם אלוהים יצר את אדם וחווה ולהם יש שתי בנים איך בני האדם המשיכו להתרבות?

בדיוק כמו שאת חושבת

כי הם עשו את זה אחד עם השני

מן הסתם שהיו עוד אנשים אבל הסיפור מבוסס עליהם

בתנך כתוב שקין והבל התחתנו עם האחיות התאומות שלהם.
"מפורש בחז"ל כי קין נשא את התאומה שלו, והבל נשא את התאומות שלו לנשים, וכך אכן פרו ורבו בעולם" (מתוך ערוץ ההידברות)

שנולדן קין והלבל - הם נולדו עם תאומות.

קודם כל לאדם וחווה היו שני בנים ושלוש בנות.
דבר שני, בזמן בריאת בעולם לא הייתה אפשרות אחרת לברוא עולם ולכן הקב"ה הסכים למעשה שקין עשה- שהוא נשא את אחותו. כמו כן האנשים שנולדו מהמעשה הזה, לא נחשבו ממזרים:)