הגיוני שאני לא מצליח למצוא היגיון בחלק מהמצוות של היהדות?

כי יש מצוות שאין להם הגיון.

כן

לאלה שמעליי, זה לא שאין להם היגיון, המוח האנושי לא יכול להבין אותן.
לצורך הדוגמה, מצוות פרה אדומה, אפילו שלמה המלך לא הבין את מהות המצווה, וזה כדי להבין שיש מצוות שאנחנו (בני האדם) לא אמורים ולא יכולים להבין.