בנפילה חופשית , אם סימנתי כיוון חיובי כלפי מעלה זה אומר שכשהגוף נע בכיוון החיובי שסימנתי המהירות שלו חיובית גם?

כן וגם התאוצה והמיקום שלו ביחס לנקודת האפס (כלומר, ההעתק)

^זה לא נכון, הגוף יכול לנוע למעלה גם כשהתאוצה שלו כלפי מטה וההפך.
התאוצה לא בהכרח תהיה חיובית.
תחשבי שאני זורק כלפי מעלה כדור, הכדור נע כלפי מעלה כי הבאתי לו מהירות התחלתית כלפי מעלה, אבל התאוצה זה כוח הכבידה של כדור בארץ, וזה כלפי מטה.
ההעתק אכן יהיה חיובי