בפחמן יש 6 פרוטונים ו6 אלקטרונים?

כן.. בפחמן ניטרלי

המספר האטומי של פחמן הוא 6, משמע: בגרעין אטום הפחמן ישנם שישה פרוטונים, הוא לא בהכרח יהיה בעל שישה אלקטרונים.

אכן