למי יש יותר סמכות לרמטכל או לשר ביטחון? ומה ההבדלים?

שר הביטחון.
צה"ל הוא גוף שכפוף לכנסת ושר הביטחון בדרך כלל בעל סמכות מלאה מעל הרמטכ"ל. לרוב הוא גם זה שמוביל למינוי של אותו רמטכ"ל.

שר הביטחון קובע מדיניות.
כלומר, הוא קובע מה הולך להיות, מה המטרה שצריך להגיע אליה.
הרמטכל קובע שיטת פעולה, כלומר, הוא קובע איך מגיעים ליעד ששר הביטחון קובע.