אפשר למרקר פסוקים בתנך?

לא

תלוי. יש מרקרים שהורסים את הדף.

בתנך עצמו אסור לכתוב כלום בכללי

תרשום במחברת צדדית פסוק ופרק

כן אפשר. פשוט להשתדל שעם עיפרון ודברים כאלה לא מרקרים

מצד קדושת הספר אין בעיה.
אם זה לצורך הבגרות, יתכן שלא מאפשרים להיכנס למבחן עם תנ"ך מסומן