שאלה למי שמבין ביהדות (לא קבלה)

כתוב במדרש תנחומא פרשת שופטים סימן טו: כִּי תֵּצֵא לַמִּלְחָמָה עַל אוֹיְבֶיךָ. מַהוּ עַל אוֹיְבֶיךָ. אָמַר הַקָּדוֹשׁ בָּרוּךְ הוּא, צְּאוּ עֲלֵיהֶם כְּאוֹיְבִים. כְּשֵׁם שֶׁאֵינָם מְרַחֲמִים עֲלֵיכֶם, כָּךְ אַתֶּם לֹא תְּרַחֲמוּ עֲלֵיהֶם. רְאֵה מָה הֵם אוֹמְרִים: לְכוּ וְנַכְחִידֵם מִגּוֹי וְלֹא יִזָּכֵר שֵׁם יִשְׂרָאֵל עוֹד (תהלים פג, ה). אוֹתוֹ הַשֵּׁם שֶׁאוֹמֵר, בָּרוּךְ ה' אֱלֹהֵי יִשְׂרָאֵל (שם קו, מח). לְפִיכָךְ צְּאוּ עֲלֵיהֶם כְּאוֹיְבִים.
מצד אחד זה נראה כאילו זה מחנך להרג חפים מפשע למרות שלרוב מדרשי אגדה לא מהוות כהלכה. מצד שני כבר נפסקה הלכה שאסור להרוג חפים מפשע במלחמה (מלכתחילה כמובן, כי אם אין שום ברירה אחרת במקרה של המלחמה שלנו אז אין ברירה).
ואני שואל כדי לחדד משהו, מה ההקשר של המדרש?

נ.ב: יצא לי לראות לא מעט כהניסטים פסיכופתים (שהם בתכלס אפיקורסים עם כיפה) מצטטים את הסימן הזה במדרש... אשמח לתשובות של צדיקים.