למה שמדליקים נר לרמב"ם אומרים רבי משה בן מימון ולא בן ושם אמא שלו?

לגבי הרמב"ם ספציפית, אני לא חושב שיודעים מי הייתה אמא שלו. כאילו, גם בוויקיפדיה מפורט על אבא שלו שהיה דיין, אבל אמא שלו לא מוזכרת. או שתרומתה ליהדות הייתה קטנה מזו של אבא שלו, או שלא יודעים מי היא.
באופן כללי, הרבה פעמים כן מזכירים את האם ולא את האב. כשעולים לתורה למשל, הרבה פעמים אומרים "x בן .. (אמא שלו)"

לא יודעים את שמה של אמו של הרמב"ם.

מקובל להזכיר שם אמא כשזקוקים לרחמי שמים, כמו בתפילה לרפואת חולה.
בעלייה לתורה, בעשיית מי שבירך ובהזכרת שם של נפטר מקובל להזכיר את שם האב.