הגיוני ששלחו לי הודעה שהגיעה לי חבילה מאלי אקספרס אבל באתר עצמו לא מופיע שהגיע?

לא.
תמתיני..

כן זה הגיוני, העלי אקספרס לא תמיד מתעדכן.
בהודעה שהחבילה הגיעה, יש מספר מעקב, את יכולה להשוות למספר מעקב בעלי אקספרס.
אם בהודעה רשום בתחילת המספר מעקב yy זה אומר שהחבילה היתה לא דואר רשום אבל בגלל גודל וכדומה אז שמו אותה בנקודת איסוף ושינו את המספר שלה.