הפרוטונים שבגרעין הנחושת שונים מהפרוטונים שבגרעין הפחמן. באטום הנחושת הפרוטונים והאלקטרונים נמצאים בגרעין, ואילו באטום הפחמן מחוץ לגרעין. מספר הפרוטונים שבאטום הנחושת שונה ממספר הפרוטונים שבאטום הפחמן. באטום הפחמן אין אלקטרונים, ואילו באטום הנחושת יש אלקטרונים.