"ההבדל בין כל החומרים בעולם הוא מספר הפרוטונים באטום של כל חומר וחומר"

לא.
יש גם הבדלים בין חומרים בעלי מספר פרוטונים זהה.
נגיד יש מימן, ויש דריטיום-שזה גם מימן, אבל עם יותר ניוטרונים, שהוא בעל תכונות אחרות.

נכון, אבל גם יש עוד הבדלים כמו כמות אלקטרונים וניוטרונים באטום

יש איזוטופים ויונים ומולקולות שונות מאותם יסודות אז ממש לא

בטח

כן זה תכלס מה שמבדיל בין יסודות