למה הכנסייה שנאה את קופרניקוס?

כי הוא אמר משהו נגד משהו שהם מאמינים בו

היא לא.
לפחות לא בהתחלה.
היא ממנה את המחקר שלו בהתחלה.
בסוף היא לא אהבה את התוצאות שהוא קיבל, אבל היא לא שנאה אותו, היא פשוט הפסיקה לממן אותו ופסלה את הכתבים שלו מהספריות שלהם.

לכנסיה במשך דורות היה מונופול על הידע אם רצית להחכים במדעים היית הולך אליה. קופרניקוס היה בין ראשוני המהפכה ששברה את המונופול על זה, ומכאן "המהפכה הקופרניקאית"

בנוסף תפיסת העולם שהעולם לא סובב סביב האדם והוא במרכזו לא התאימה לתפיסה הדתית הנוצרית לפיה אלוקים הקדיש את העולם לאדם, ולכן הוא סובב סביבו.

וכן, בהתחלה הכנסיה ממנה לקופרניקטס את המחקר.

^זה דווקא לא נכון.
כבר בעת העתיקה הוכיחו שכדור הארץ הינו כדורי, והנוצרים ממש לא שכחו את זה, קולומבוס לדוגמא היה נוצרי אדוק, והוא ידע שכדור הארץ עגול.
גם חישבו את היקף הכדור (הייתה להם טעות אבל הם היו מאוד קרובים, והשתמשו רק בצל).