מג"ן כתום- איך לכתוב את השורש של המילים האלה; גב"ה ונג"ה, ככה?

כן

כן אבל אפשר גם להוסיף דגש לה' כדי להראות שזה שלמים ולא נלי/ה

כן. רק אם שואלים על הגזרה, אז לכתוב שלמים(או מרובעים בשורש מ-ה-מ-ה) ולא נלי"ה