זה הגיוני שבפלייסטיישן שלי יש 500gb אבל זה מראה בהגדרות שיש לי רק 408.5 gb?

כן, זה כמו שדיסק און קי של 56 gb אין באמת 56 יש 50 בערך או בטלפון שרשום שיש לך 128gb יש לך בעצם פחות כי המערכת גם תופסת מקום

כן המערכת תופסת מקום ונשאר פחות

כן.
כשאומרים שיש לקונסולה שלך 500gb, זה כולל המקום שתופסת מערכת ההפעלה.
בפועל יהיה לך פחות מקום לאחסן דברים, כמו משחקים, סרטונים או תמונות